
Euroopan unionilla on seitsemän virallista toimielintä, joista jokaisella on oma tehtävänsä. Näitä ovat Eurooppa-neuvosto, Euroopan komissio, Euroopan unionin neuvosto eli ministerineuvosto, Euroopan parlamentti, Euroopan unionin tuomioistuin, tilintarkastustuomioistuin ja Euroopan keskuspankki.
EU:n toimielinjärjestelmä toimii seuraavasti:
Edellä mainittuja toimielimiä tukee viisi muuta tärkeää elintä: Euroopan talous- ja sosiaalikomitea sekä alueiden komitea, jotka ovat neuvoa-antavia toimielimiä sekä Euroopan investointipankki, oikeusasiamies ja tietosuojavaltuutettu.
Tiettyjä teknisiä, tieteellisiä tai hallinnointitehtäviä hoitamaan on perustettu EU:n erillisvirastoja. Ne on hajautettu EU:n jäsenmaihin. Suomessa toimii EU:n kemikaalivirasto.