Medlemsländernas flaggor framför Europaparlamentet.
Huvudansvaret för uppföljning och beredning av EU-ärenden och för fastställandet av Finlands ståndpunkter bärs av de behöriga ministerierna. Det stöds av den samordning av EU-ärenden som tillämpas i Finland. Syftet med samordningen är att säkerställa att Finland i alla ärenden som tas upp i EU, under de olika faserna av behandlingen, har en samordnad ståndpunkt. En ståndpunkt som motsvarar de allmänna principerna som Finland antagit för sin EU-politik.
Systemet för samordning av EU-ärenden omfattar de behöriga ministerierna, EU-ministerutskottet och kommittén för EU-ärenden samt de EU-sektioner som den sistnämnda har inrättat. Statsrådets EU-sekretariat fungerar som sekretariat för EU-ministerutskottet och kommittén för EU-ärenden. Också Finlands EU-representation i Bryssel deltar i beredningen.
Riksdagen deltar i den nationella beredningen av beslut som EU fattar. EU-ärendena behandlas i riksdagen av stora utskottet, som specialutskotten avger utlåtanden till. Ärenden som gäller EU:s gemensamma utrikes- och säkerhetspolitik behandlas i utrikesutskottet.
EU-ministerutskottet sammanträder varje vecka för att behandla viktiga EU-frågor. Ministerutskottet kommer överens om Finlands strategi inför rådets möten. Ordförande för ministerutskottet är statsministern.
Ordföranden i Ålands landskapsregering har rätt att bli hörd i EU-ministerutskottet när ett ärende faller inom landskapet Ålands behörighet eller annars är särskilt viktigt för landskapet.
Kommittén för EU-ärenden är ett rådgivande och medlande organ. Kommittén behandlar omfattande EU-ärenden som gäller flera ministerier, och ärenden som sektionerna inte har nått enighet i. Dessutom behandlar kommittén EU:s domstols- och tillsynsärenden samt fattar beslut om utnämning av nationella sakkunniga till EU:s institutioner.
Företrädda i kommittén för EU-ärenden är alla ministerier, statsrådets kansli, republikens presidents kansli, justitiekanslersämbetet, Finlands Bank och Ålands landskapsregering. Ministerierna representeras vanligen av kanslicheferna som har var sin suppleant. Ordförande för kommittén är chefen för statsrådets EU-sekretariat (statssekreteraren för EU-ärenden).
Kommittén för EU-ärenden har inrättat sammanlagt 40 sektorspecifika beredningssektioner. EU-sektionernas ordförande och sekreterare representerar vanligtvis det behöriga ministeriet. Till de viktigaste sektionerna hör sektionen för budgetfrågor samt sektionen för rättsliga frågor.
Sektionerna kan sammanträda i begränsad sammansättning eller utvidgad. I den begränsade sammansättningen ingår, utöver tjänstemän från de behöriga ministerierna, också representanter för andra ministerier och centrala ämbetsverk. När en sektion sammanträder i utvidgad sammansättning deltar dessutom representanter för intresseorganisationer och andra intressegrupper. I varje sektion ingår också en representant för statsrådets EU-sekretariat och en för Ålands landskapsregering .
Statsrådets EU-sekretariat svarar för samordningen av EU-ärenden och fungerar som sekretariat för EU-ministerutskottet samt som ordförande och sekretariat för kommittén för EU-ärenden. Dessutom är EU-sekretariatet företrätt i alla sektorspecifika beredningssektioner.
I EU-sekretariatets uppgifter ingår dessutom beredning av Europeiska rådets möten, uppgifter i anslutning till den allmänna utvecklingen av EU och institutionella frågor, förmedling av anvisningar till EU-representationen tillsammans med de ansvariga ministerierna samt EU-ärenden som inte hör till något annat ministerium. Dessutom ansvarar sekretariatet för informationen mellan Finlands EU-representation och de nationella myndigheterna och för deltagande i statsrådets EU-utbildning, EU-information och EU-dokumentförvaltning.
EU-sekretariatet överfördes från utrikesministeriet till statsrådets kansli 1.7.2000.
